Где и как правильно настраивать cron-задания?
Добавить cron-задания вы можете в разделе "Планировщик" панели управления ISPManager.
Универсальным решением является запуск cron-заданий с помощью wget. Пример команды:
/usr/bin/wget -O /dev/null -q "http://mydomain.ru/cron.php?action=987"